十几天后，不知道遭到多少次拦截的占领军被迫分兵，亚特兰蒂斯战舰突然兵分几路，各自逃向不同的方向，追击舰队也不得不分兵追击。
分兵最直接的后果就是各路舰队的战舰数量减少，追击舰队在判断亚特兰蒂斯战舰位置的时候变得更加的容易，一时间占领军的损失直线上升。
如果亚特兰蒂斯人知道人类是如何探测到他们的动向，绝不会做出如此愚蠢的举动。
失去了舰队指挥官的占领军什么也顾不上了，只想着怎么才能逃脱追杀，各路舰队各显神通，有的甚至调头飞回太阳系的方向，也有的冒险脱离超光速，轰轰烈烈的追击战渐渐向捉迷藏转变。
一路占领军脱离超光速的时候幸运地碰上了一个星系，钻进星系内的十几艘亚特兰蒂斯战舰成功地躲过了人类的追杀。
不过其它占领军就没有这样幸运了，两个月后，最后一艘仍然在远征军监控之下的亚特兰蒂斯战舰在距离太阳系一百零六光年的地方被追击舰队锁定，随着动力冲击舰的启动，这艘战舰灰飞烟灭，为追击战画下了一个大大的句号。
这场你追我赶，斗智斗勇的追击前前后后持续了两个月零四天，追击舰队付出了六百多艘动力冲击舰和二十多艘战神级战舰的代价，终于歼灭了逃亡的敌军。
追击战的结束也标志着反攻战役彻底结束，据战后统计。亚特兰蒂斯占领军的两千多艘战舰，最终成功逃离的还不到五十艘，其中一多半儿是在刚刚开始逃离的时候脱离超光速，直接在太阳系外围隐藏起来，才意外躲过了追击舰队的追杀。
这些战舰，包括隐藏在另一个星系中的十几艘战舰为了躲避远征军，始终没敢离开藏身之地，直到人类撤离太阳系。
安排完追击任务的徐世杰带着其余的战舰抵达地球，美俄欧三方的舰队随后赶到，蒙哥牛利等人正准备带领舰队降落。事先抵达的舰队正好赶在这个时候送回了最新的情报。通讯参谋飞快地跑到徐世杰面前敬礼：“报告，全球各地发现大批亚特兰蒂斯军队失控，占领军正在屠杀人类，破坏城市。”
旗舰的大屏幕随着通讯参谋的报告及时切换镜头。只见屏幕上十几个穿着金色铠甲的亚特兰蒂斯战士冲上繁华的大街。两辆悬浮车当即被亚特兰蒂斯人掀翻。满街的人类狼奔豕突四散奔逃，虽然听不到任何声音，但是在场的所有人都可以想象配合这副景象的尖叫和混乱。
全球各个主要城市的标志性建筑一一出现。折断的埃菲尔铁塔个、燃烧的凯旋门、倒塌的帝国大厦……最后屏幕的镜头停在金字塔边的狮身人面像上，几个亚特兰蒂斯人正聚集在破损的人面像下面，几十个人骑着骆驼疯狂地逃跑，一道分解光束扫过，十几头骆驼连
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